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单细胞转录组测序

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单细胞转录组测序

产品描述信息

     在某一特定阶段,由细胞转录出来的全部RNA称之为转录组(transcriptome),其包括mRNA和非编码RNA。准确深入地分析转录组,有助于全面理解细胞基因表达和调控网络的作用。相同组织的细胞基因型几乎一致,但亚单位的表达往往不同,转录组更能反映甲基化和组蛋白等修饰的差异。不同组织的细胞各自拥有独特的转录组,研究这些转录组能够从不同的生理功能和表型角度阐释基因调控网络。 
     一般转录组实验常需要成千上万甚至上百万个细胞,然而了解控制人类胚胎发育的基因调控网络所需的早期胚胎细胞和干细胞等只能收集到微量细胞,这就要求实验中利用尽可能少的细胞,最好是在单细胞水平进行转录组的分析。单细胞RNA测序(RNA-Seq)就是在单个细胞水平上对转录组进行扩增与测序的一项新技术。
     单细胞转录组是指某个细胞在某一生理功能状态下所有转录的mRNA产物的集合,是基因组遗传信息传递和表达的重要步骤和过程。与参考基因组比较,可以得到基因表达差异、可变剪接、融合基因等遗传调控信息。

产品详细信息

1、运用MALBAC技术进行转录组扩增;

2、无物种的限定,要求mRNAPoly A尾巴结构;

3、分辨率高:单碱基分辨率;

4、覆盖度高:能覆盖到几乎所有转录本片段序列;

5、检测范围广:从几个到数十万个拷贝精确计数,可同时鉴定及定量正常和稀有转录本。

取样要求:做好记录、避免污染、充分取样.

组织样品必须是在手术切除后立即冷冻保存(液氮或-80℃),保存时间在一年之内;全血(或骨髓)样品不少于5mL,需用抗凝采血管取样和抗凝管分装,并且在-80℃保存;
细胞悬液或细胞系,需按照细胞冻存的标准操作,使用细胞冻存液梯度降温保存于液氮或-80℃

分离的单细胞样品推荐使用PH7.2-7.41x PBS buffer (不含Ca2+Mg2+) 加上1%BSA细胞保存液保存,总体积不超过2µL,立刻液氮速冻,干冰运输。

对于肿瘤样品所取样品大小建议为1-2cm3(过大不利于样品的冻存,过小则不能满足取样用量),对难取样或珍贵的标本,样品大小至少5mm3

  单细胞转录组测序绘制人类植入前胚胎和胚胎干细胞转录组图谱 

     通过对处于不同发育阶段的早期胚胎的90个单细胞以及人类胚胎干细胞系(hESCs)34个单细胞进行了单细胞转录组测序,并开展详尽的生物信息分析。
 
     1) 构建了世界上最完整的人类胚胎发育基因表达图谱,检测出了22,687个母源表达基因,其中包括8,701条长链非编码RNAslong noncoding RNAslncRNAs),相比于以往通过cDNA微阵列检测出的9,735个母源基因数量大大增加。

     2)在国际上首次成功地分离了囊胚阶段胚胎中的三种细胞(上胚层细胞、原始内胚层细胞、以及滋养外胚层细胞),并进一步分析其基因表达情况,发现了一批新的细胞分化相关的标志基因。

     
      3)在人类植入前胚胎中发现了两千七百多种全新的lncRNA,其中许多lncRNA表达具有发育阶段特异性,很可能参与了植入前胚胎发育过程中的细胞命运决定。

      4) 通过将本研究采用的单细胞转录组分析技术与国际已经有商业化试剂盒的Smart-Seq单细胞转录组分析技术进行了系统比较,发现本研究组采用的技术在灵敏度、技术稳定性、以及cDNA的全长覆盖均匀度等方面均明显优于Smart-Seq技术。

[1]Yan L, et al. Single-cell RNA-Seq profiling of human preimplantation embryos andembryonic stem cells. Nat Struct Mol Biol. 2013, 20(9): 1131-1139.

[2]Hashimshony, T., Wagner, F., Sher, N. & Yanai, I.CEL-Seq: single-cell RNA-Seq bymultiplexed linear amplification. Cell Reports 2, 666–673 (2012).

[3]Ramskold, D. et al.Full-length mRNA-Seq from single-cell levels of RNA and individualcirculating tumor cells. Nat. Biotechnol. 30, 777–782 (2012).

[4]Tang, F. et al. Tracing the derivation of embryonic stem cells from the inner cell mass by single-cell RNA-Seq analysis. Cell Stem Cell 6, 468–478 (2010).

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