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甲基化芯片

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甲基化芯片

产品描述信息

  DNA甲基化是真核生物表观遗传学中一种重要的基因表达调控方式,是一种酶催化的修饰过程,即在DNA甲基转移酶催化下。甲基基团转移到胞嘧啶的5位碳原子上,使之转变成5-甲基胞嘧啶的化学修饰过程。DNA甲基化与人类疾病密切相关,它可用于临床诊断和预后判断。

  源宜基因推出基于Infinium平台的人类全基因组甲基化芯片Infinium 450K Methylation BeadChip,和450K芯片的升级款Infinium 850K Methylation EPIC BeadChip,可达到单碱基的分辨率。

产品详细信息

GWAS的理想之选--Infinium450K Methylation BeadChip

芯片介绍及特点

  该芯片包涵450,000多个甲基化位点,全面覆盖了96%的CpG岛,除了CpG岛或CpG shores位点外,还加入了CpG岛以外的CpG位点、人类干细胞中观察到的非CpG岛甲基化位点、正常组织与肿瘤(多种肿瘤)组织的差异甲基化位点、非编码区CpG岛位点、miRNA启动子区域和由GWAS项目发现的疾病相关区域的位点,集合了全面、高样品通量,以及价格实惠等优点,是筛选GWAS群体的理想选择。

技术特点

v 流程简单:采用Bisulfite处理和单碱基延伸技术,无需进行烦琐的免疫共沉淀

v 单碱基分辨率:直接检测发生甲基化的准确位点,而非发生甲基化的区段

v 与“全基因组亚硫酸氢盐测序”相关系数R2 > 0.959

v 技术重复相关系数R2 = 0.9969

v 通量高:一次性检测12份或者12的倍数的样本量

 

EWAS的理想之选--Infinium850K Methylation BeadChip

芯片介绍

  除了保持CpG岛、基因启动子区的全面覆盖外,加强了增强子区和基因编码区的探针覆盖,同时也可适用于FFPE样本,是目前最适合全表观基因组关联分析研究(EWAS)的全基因组DNA甲基化芯片。可广泛应用于干细胞研究、肿瘤和其他复杂疾病研究,是目前最适合表观基因组全关联分析研究的全基因组DNA甲基化芯片。

芯片特点

  与450K相比,该芯片拥有覆盖更全面的全基因组覆盖范围,包涵有多于850,000的甲基化位点,不但保持了对CpG岛、基因启动子区的全面覆盖,特别加强了增强子区(新增333,265个探针覆盖来自ENCODE及FANTOM5计划的增强子)以及基因编码区的探针覆盖,包括FANTOM5增强子、ENCODE染色质、ENCODE转录因子结合位点。此款芯片与FFPE样本兼容。

实验分析方法重现性

98%(针对传统HumanMethylation450K芯片对照,MethylationEPIC芯片采用的相同样本)

>90%(针对HumanMethylation450K位点内容)

技术特点

与450K相比,其特点有:

v 技术重复重现率98%

v 支持无PCR和低样本输入量(低至250 ng)

v 一次性检测8份或者8的倍数的样本量  

 

技术流程

  

 

分析流程

  

技术参数
 

  

 

案例
 

  DNA甲基化可能在阐明精神分裂症(Schizophrenia,SZ)的发病机理或者作为评价易感的生物标记物中扮演重要角色。研究人员为了鉴定精神分裂症患者与正常人之间的甲基化CpG差异,进行了全基因组范围的DNA甲基化检测,结合GWAS研究数据,对于解析精神分裂症功能相关的潜在遗传信息具有重要意义。

材料和方法

筛查阶段(病例-对照):689例SZ患者 vs 645例正常人对照,共计1334例;

验证阶段(病例-对照):247例SZ患者 vs 250例正常人对照,共计497例;

甲基化检测: Illumina Infinium Human Methylation450 array

研究结果

v 筛查鉴定了923个SZ相关差异甲基化CpGs(FDR检验, <0.2);

v 差异甲基化位点验证结果显示,625个位点具有同向相关性,其中172个位点具有重复性且P<0.05;

v 部分具有重复性的差异甲基化位点位于GWAS分析中与SZ高度相关的染色体区域,比如与SZ高度相关的基因RPS6KA1、MAD1L1、KLF13、SULT4A1、NPDC1、AUTS2、PIK3R1、PNPO,先前报道的与神经发育与功能相关的基因(S100A2、SULT4A1、HES1、NTM、MARK4、KIFC3、NPDC1、SCAP、DHCR24、HS6ST1等)以及涉及T细胞发育与细胞命运 (ZC3H12D、TCF3、MAP3K1、IKZF4);

v SZ相关差异甲基化位点与易感基因位点相关性分析表明,基因型对甲基化和SZ发生的影响是分别进行的。

筛查和验证阶段DNA甲基化变化的一致性

参考文献

Montano C, Taub M A, Jaffe A, et al. Association of DNA Methylation Differences With Schizophrenia in an Epigenome-Wide Association Study.[J]. Jama Psychiatry, 2016, 73(5).【点击下载】 

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